曹操幸运脱险，立刻掉头向燃烧中的东门突围而出。他的左手受到严重的烧伤，无法抓紧马缰，几乎掉下马来，幸亏侍从楼异上前扶住，才得以顺利逃出。 
曹操逃回本营后仍然不休息，立刻亲自劳军，慰问败退回来的军队，命令全军马上制造攻城武器，再度领军攻到濮阳城下。 
吕布和陈宫猜测曹操遭此败后必然士气大挫，正准备乘胜追击，结果发现曹军又来了。两人惊诧的面面相觑，不明白这是怎么回事-----明明是曹操连败两场，几乎被完全打垮啊，可对方还有这么旺盛的斗志，怎么看都象是自己连败了两场呀！ 
畏惧之下，吕布根本不敢出战，一味的加强城防。双方相持了百多天，都无法撼动对方分毫。这时遇到了蝗灾，吕布军粮用尽，只好退军，曹操也因为同样的原因无法占据濮阳，暂时退军回了鄄城。

胜战 

同年十月，在蝗灾的打击下，粮食严重短缺的曹军面对解体的危险。袁绍派人来劝说曹操以家属为人质去投靠他。曹操看到兖州收回无期，军队毫无斗志，准备接受袁绍的建议，投靠袁氏。 
这时候，又是程昱，表示了强烈的反对：“难道曹将军真得为眼下得困难感到害怕了？为何有如此欠缺考虑的想法呢？袁绍早有吞并天下的野心，只是其本身智谋不足，所以一直做不到啊。对于这种人，将军您真以为能自甘其下吗？将军有龙虎之威，怎么可以成为韩信，彭越那样的人呢？现在兖州虽然不完全了，但我们还有三座城池，能征惯战的将士还不下万人。以将军的武功谋略，加上荀彧和我程昱的辅佐，一定可以完成霸业的，希望将军能再审慎的考虑一番呀！” 
曹操听后很感动，就放弃了投靠袁绍的错误念头。 
兴平二年（195年）春天，缓过气来的曹操亲自进攻当时吕布驻军山阳的邻城定陶，并派曹仁攻打句阳，以期达到孤立吕布的目的。结果成功迫使吕布后退。 
夏天，吕布决定反扑，派薛兰，李封屯兵巨野，准备以此吸引曹操的主力，自己率领大军随时准备接应。但他的这个如意算盘被曹操看透，他派曹仁攻打巨野，给人以曹操本人在曹仁军中的错误感觉。吕布果然上当，率轻骑赶往巨野，准备合击曹军主力。结果在半路上遇到了曹操的伏兵，大败而逃。曹操乘势以全军攻击薛兰李封军，薛李军被前后夹击，战事很快就演变成了一场屠杀，薛李全军被歼----曹操对吕布首次取得了重大胜利。 

这时候，败退中的吕布与陈宫部会合，聚集到一万多部队。两人一合计，决定打敌人一个措手不及，于是转身又来战曹操。曹操没想到吕布回来的这么快，之前已经让各部队分散出去收集粮草去了，驻扎在巨野的中军只有一千来人。仓促间，曹操大胆的采取了“空城计”，把全部的一千人统统列阵于营外虚张声势，吕布陈宫观察到曹操大营西边有个大堤，南边有大片的树林，又见曹操的有恃无恐状，料想对方肯定有伏兵，便就地扎营，着力于巩固防御阵地，不敢贸然进攻。 
曹操当晚连夜调回了大量的部队，全部埋伏到大堤下，作好了打败吕布军的准备。而吕布得到报告，才知道曹操昨天的举动不过是虚张声势而已，心里很后悔，第二天一早便主动进攻。 
他大模大样的率领骑兵直接突击堤上的曹军中军，结果曹军伏兵大出，吕布军出其不意，大溃，退回本阵才勉强稳住了阵脚。晚上，由于害怕在与曹军的决战中被全歼，吕布便连夜逃走，与陈宫一起，放弃了兖州，投靠徐州的刘备去了。 
取得巨野会战决定性胜利的曹操，顺利拿下了定陶城，并分兵平定了叛变的诸郡县。 
十二月，攻陷雍丘，由于攻城花了五个月之久，曹操展开了血腥的杀戮，张邈灭族。张邈本人在去投靠袁术的途中被部下杀害。这样，从张邈陈宫叛变到曹操收回失地，前后共花了一年多的时间。 

在这场战争中，曹操的表现非常出色，他在连续失败中没有气馁，屡败屡战，以燎原烈火一样的疯狂热情激励出了全军的斗志，虽然身处逆境，但在气势上完全压倒了吕布，最终取得了战争的胜利。所以说，这次胜利，是曹操意志的胜利！